R语言中igraph包的用法(邻接矩阵)

先导入igraph包：

library(igraph)

graph包最简单的用法就是graph方法，两句代码就完成绘制如下所示，1的loop表示为（1，1），1和2之间有3条edge，表示为（1，2，1，2，1，2）

g <- graph(c(1,1,1,2,1,2,1,2,1,5,2,3,2,4,2,5,3,3,3,4,3,4,3,4,4,5),directed = FALSE)
plot(g)

如果用顶点的邻接矩阵表示，仍以上图为例：

则对1，1有loop，与2有条edge，与5有一条edge，所以邻接矩阵的第一行为（1，3，0，0，1）；

类似地，可以得出邻接矩阵的第2、3、4、5行；按列输入上述矩阵：

cell <- c(1,3,0,0,1,3,0,1,1,1,0,1,1,3,0,0,1,3,0,1,1,1,0,1,0)                                     
cell <- matrix(cell,5,5,byrow=T) 

使用graph.adjacency方法：

cnames <- c('a','b','c','d','e')                                         
g <- graph.adjacency(cell,mode="undirected")plot(g,vertex.label=cnames)#绘出图像

补充：R语言学习-提取igraph的节点和边

网络分析的时候，可能需要提取出网络中的节点或者边，igraph包中其实提供了很多可用的函数。

#创建网络方法之一：data.frame
data<-data.frame(id1=c(1,1,2,3,4,4,5,5,6,6,7,8,8,9,10,5,15,6,7,16),id2=c(2,11,11,12,13,14,15,16,7,15,16,17,18,18,9,19,19,19,19,19))
g <- graph_from_data_frame(data, directed=FALSE)    #directed 参数控制graph 有无方向
g
IGRAPH UN-- 16 17 -- 
+ attr: name (v/c)
+ edges (vertex names):
[1] 1 --2  2 --3  3 --4  1 --4  5 --7  5 --6  5 --8  7 --6  7 --8  6 --8  9 --10 9 --13 11--10 11--12 12--13 14--15 1 --16
#图形显示
plot(g)

#V(g)和E(g)可以用来查看网络g的节点和边
V(g)
+ 16/16 vertices, named:
[1] 1  2  3  5  7  6  9  11 12 14 16 4  8  10 13 15
E(g)
+ 17/17 edges (vertex names):
[1] 1 --2  2 --3  3 --4  1 --4  5 --7  5 --6  5 --8  7 --6  7 --8  6 --8  9 --10 9 --13 11--10 11--12 12--13 14--15 1 --16
#但问题是怎么将里面的数据提取出来放到变量里面呢？
#节点提取有个函数get.vertex.attribute(g)
get.vertex.attribute(g)
$name
[1] "1"  "2"  "3"  "5"  "7"  "6"  "9"  "11" "12" "14" "16" "4"  "8"  "10" "13" "15"
#查看类型可知是list
class(get.vertex.attribute(g))
[1] "list"
#剩下的就简单了
node<-get.vertex.attribute(g)[[1]]
node
[1] "1"  "2"  "3"  "5"  "7"  "6"  "9"  "11" "12" "14" "16" "4"  "8"  "10" "13" "15"
#至于边呢？可以使用get.edgelist()
get.edgelist(g)
    [,1] [,2]
[1,] "1"  "2" 
[2,] "2"  "3" 
[3,] "3"  "4" 
[4,] "1"  "4" 
[5,] "5"  "7" 
[6,] "5"  "6" 
[7,] "5"  "8" 
[8,] "7"  "6" 
[9,] "7"  "8" 
[10,] "6"  "8" 
[11,] "9"  "10"
[12,] "9"  "13"
[13,] "11" "10"
[14,] "11" "12"
[15,] "12" "13"
[16,] "14" "15"
[17,] "1"  "16"
#类型是matrix矩阵可以直接使用
class(get.edgelist(g))
[1] "matrix"

以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持米米素材网。如有错误或未考虑完全的地方，望不吝赐教。

原文链接：https://blog.csdn.net/today__present/article/details/105205012